Los hombres, de 25, 30 y 63 años, fueron arrestados tras el incidente frente al club náutico de Beech Road, Portballintre, Co Antrim, a las 19.45 horas del lunes.
Posteriormente, el barco se incendió y un hombre tuvo que ser atendido en el hospital por sus heridas.
La policía dijo que el incidente está siendo tratado como un crimen de odio por motivos religiosos.
El tricolor irlandés ondeaba en el barco.
Las imágenes del lugar muestran graves quemaduras en el barco.
Parece que el barco llegó anoche al pueblo de Co Antrim.
Servicios de emergencia sofocando el incendio del barco. Crédito: Guardacostas de Coleraine
Los equipos de rescate de Coleraine y Ballycastle Coastguard acudieron al lugar, al igual que el Servicio de Bomberos y Rescate de Irlanda del Norte.
Aconsejaron a los nadadores que se mantuvieran alejados de la zona debido al riesgo de contaminación por el combustible para aviones.
El equipo de guardacostas publicó en línea: «Aunque todavía no hay peligro de incendio, existe un ligero riesgo de contaminación por el combustible a bordo y los usuarios de aguas recreativas deben evitar el área inmediata hasta que el barco pueda ser evacuado».
El inspector Armor del PSNI dijo: “Luego, el barco fue incendiado y sufrió graves daños.
Noticias de hoy en 90 segundos – 4 de junio
«Los agentes acudieron al lugar y un hombre tuvo que ser atendido en el hospital por sus heridas.
«Tres hombres, de 25, 63 y 30 años, han sido arrestados bajo sospecha de una serie de delitos que incluyen daños criminales y agresión con lesiones corporales reales.
«Desde entonces, el hombre de 63 años ha sido puesto en libertad bajo fianza, mientras que los otros dos hombres se encuentran actualmente bajo custodia mientras continúan las investigaciones.
«Estamos tratando este informe como un crimen de odio motivado por sectarios y estamos ansiosos por escuchar a cualquiera que estuviera en el área en ese momento y fuera testigo de lo sucedido».
El diputado del Sinn Féin, Philip McGuigan, condenó el incidente.
Dijo: “El ataque a un hombre y los daños a un barco en un incendio en Portballintre es vergonzoso y lo condeno enérgicamente.
“No hay lugar para el comunalismo ni para el odio en nuestra sociedad; esperamos un futuro mejor para todos y trabajamos juntos.
«La policía está tratando este ataque como un crimen de odio sectario y hago un llamamiento a cualquiera que tenga información sobre este ataque para que se ponga en contacto con la policía».
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