Detección de la transmisión de C difficile en hospitales mediante secuenciación del genoma completo

Traslado hospitalario productor de toxinas Clostridium difficile La infección es una preocupación importante para el control. Esta bacteria, que normalmente reside en el intestino humano, presenta un riesgo de transmisión, especialmente cuando los pacientes están en estrecho contacto con los trabajadores sanitarios. Pruebas de cultivo adicionales y análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) mediante un borrador de secuenciación del genoma completo (WGS) detectaron una prevalencia no observada dentro de las salas, particularmente en casos de cambios frecuentes de habitación y admisiones repetidas. Uso de análisis basado en WGS para monitorear Dificultad C La transmisión puede ser una estrategia eficaz para gestionar el control de infecciones.

Se identificaron 38 cepas y se clasificaron en 11 tipos de secuencia (ST). El más común fue ST81 (n = 11), seguido de ST183 (n = 10) y ST17 (n = 7). El análisis de SNP reveló un grupo de cepas que representan una sospecha de transmisión nosocomial (SNT). El borrador del WGS identificó cinco grupos, y 16 de las 38 cepas pertenecen a estos grupos.

Según los investigadores, “la implementación de pruebas extraculturales invasivas Dificultad C y la realización de análisis WGS retrospectivos de cepas aisladas puede ser fundamental para identificar y monitorear la efectividad de las medidas rutinarias de control de infecciones.

Para examinar el traslado al hospital Dificultad C En un lugar, los investigadores analizaron las relaciones genéticas de las bacterias. Esto se logró mediante el borrador de WGS y el análisis de SNP en el genoma central con datos sobre las salas de hospital y los cambios de habitación de los pacientes. El estudio retrospectivo incluyó 38 cepas, cada una recolectada entre abril de 2014 y enero de 2015 de diferentes pacientes.

Dos grupos para ST81 (ST81-SNT-1 y ST81-SNT-2), dos para ST183 (ST183-SNT-1 y ST183-SNT-2) y uno para ST17 (ST17-SNT-1). El grupo SNT más grande, ST183-SNT-1, incluye cinco pacientes asociados con las salas A, B y K. El paciente Pt08 cambió de habitación siete veces en la sala B, por lo que cambia de habitación con frecuencia. Los pacientes Pt36 y Pt10, ubicados en la sala B, sufrieron múltiples ingresos y altas durante el estudio, señalan los investigadores, y agregaron que «los pacientes aislados con ST183 tienen un mayor riesgo de adquisición o transmisión». Dificultad CPuede deberse a cambios frecuentes de habitación.»

Este estudio tiene tres limitaciones, incluido el hecho de que fue un estudio retrospectivo de un solo centro que se centró únicamente en la observación de la transmisión nosocomial de C diff sin recopilar datos. Dificultad C infección (CDI) o uso de antimicrobianos, y falta de detección de pacientes asintomáticos en las mismas habitaciones que los pacientes con CDI. Además, no evaluó el impacto de la transmisión silenciosa en el control de infecciones o los costos de atención médica. Sólo se analizó la primera cepa aislada de cada paciente, lo que puede haber pasado por alto la posibilidad de que los pacientes portaran múltiples cepas genéticamente distintas. Dificultad C.

Además, el uso de WGS por parte de los CDC ha mejorado la detección de pequeños brotes y ha aumentado la falta de notificación, de forma similar a cómo este estudio reveló un brote no detectado en un hospital. Después de que los CDC implementaron WGS en 2018, los investigadores descubrieron que adaptar una distribución de ley de potencia a los brotes de enfermedades transmitidas por alimentos en EE. UU. reveló una importante subdetección y subnotificación.²

Entre 1998 y 2017, se detectaron anualmente 788 pequeñas erupciones menos de lo esperado según este modelo. Sin embargo, con la introducción de WGS en 2018, las tasas de detección mejoraron, lo que resultó en la identificación anual de 365 brotes pequeños menos de lo esperado en 2018 y 2019.²

Ambos estudios subrayan el importante papel de los métodos genéticos en la mejora del control y el manejo de las infecciones, enfatizando la necesidad de enfoques innovadores en las prácticas de salud pública.

Nota

1. Miyazaki, T., Aki, K., Maeda, T. y muchos otros. Un análisis de transmisión y epidemiología molecular. Clostridium difficile Utilizando un borrador de secuenciación del genoma completo en un hospital. PMC infecta enfermedades 24989 (2024) consultado el 18 de septiembre de 2024. https://doi.org/10.1186/s12879-024-09841-9

2. Ford L, Self JL, Wong KK, et al. Ley de autoridad para subestimar los brotes de enfermedades transmitidas por alimentos, Estados Unidos. Enfermedades infecciosas emergentes. Publicado en febrero de 2024. Consultado el 18 de septiembre de 2024. doi:10.3201/eid3002.230342.